Die Einlagerung sehr kleiner Partikel in eine Schicht, die den Wafer vor einer Ätzlösung schützen sollte, führte zum Unterätzen dieser Schicht. Mit FIB-Cross-Sectioning konnte dieser Partikel scheibenweise freigelegt werden und ein Nanokanal im Partikel als Ursache für die Undichtigkeit der Schutzschicht gefunden werden.
Für diesen Fall ist eine FIB-Anlage mit einen kleinen Ionenstrom, aber einem hochpräzise fokussierten Ionenstrahl erforderlich.